Memasuki Orde Reformasi (1998)

  Paska mundumya pak Harto, maka sesuai dengan Undang-undang, wakil presiden lah yang menggantikannya. Pada hari itu pula dilantiklah wapres Prof. Dr. Ing. BJ Habibie sebagai presiden RI Re 3. Salah satu tugas presiden Habibie adalah menyelenggarakan pemilu yang jujur dan adil. Maka, kemudian bermunculanlah partai-partai politik baru.

Pada saat itu asy Syekh ikut mengusulkan kepada PBNU agar saluran aspirasi politik warga Nahdliyin terwadahi dalam satu partai politik. Upaya itu asy Syekh tunjukkan dengan berkirim surat kepada PBNU. Selain itu, asy Syekh juga menjalin komunikasi dengan beberapa kyai sepuh NU, salah satunya adalah almagfurllah K.H. Abdullah      Faqih, Langitan, Tuban. Dari peran asy Syekh mendorong terbentuknya partai politik bagi warga NU itu, maka pada tanggal 23 Juli 1998, bertempat di kediaman Gus Dur di Ciganjur, Jakarta, dideklarasikanlah Partai Kebangkitan Bangsa.

Pada saat deklarasi PKB di Jakarta itulah asy Syekh mengirimkan jamaah hadrah al Muhibbin, Kampungdalem, Tulungagung, untuk turut menyemarakkan acara. Tidak ketinggalan pula, mbah Ghofur atas nama pondok PETA turut hadir dan memberikan doa.

Selain itu, asy Syekh juga memberikan sumbang saran dalam bentuk surat kepada DPP PKB yang baru terbentuk agar menyerukan kepada seluruh jajaran pengurus partai dari tingkat pusat sampai tingkat bawah, para anggota, dan para simpatisannya agar dalam merebut simpati rakyat lebih mengedepankan akhlaqul karimah, tidak mendiskreditkan dan menghujat orang, golongan, atau partai lain.

Setelah itu, asy Syekh ikut pula mensupport pendirian DPC DPC PKB di beberapa daerah, termasuk di kota Blitar. Asy Syekh sering berkunjung ke rumah ayahanda yang waktu itu dijadikan kantor DPC PKB Kota Blitar, Setiap saat asy Syekh rawuh kc Blitar, beliau sering menyempatkan diri untuk memompa semangat kader-kader PKB binaan ayahanda yang kebetulan waktu itu beliau mendapat amanat dari PC NU Kota Blitar untuk menahkodai PKB Kota Blitar.

Pada suatu hari, saat berkunjung ke rumah ayahanda, asy Syekh mengatakan kepada para kader muda PKB bahwa beliau melihat bendera NU berkibar di langit. Saat itu asy Syekh menyampaikan bahwa presiden yang akan datang adalah orang NU. Dan, memang benar adanya, pada tanggal 20 Oktober 1999 Gus Dur dilantik menjadi Presiden RI ke 4.